A primeira coleta do herbário da Embrapa Florestas foi no final de 1978, pelo pesquisador Emílio Rotta. A evolução foi fraca e irregular, principalmente pela carência de funcionários especializados com dedicação exclusiva; contudo, houve avanço significativo a partir de 2012. A designação Herbário Fernando Cardoso da Silva- HFC foi formalizada em dezembro de 1994. O herbário conta com instalações razoavelmente apropriadas desde 2002, ocupando uma área exclusiva de 100 m² e mais uma sala anexa de 50 m² onde podem ser feitos trabalhos como guarda de equipamentos e triagem de amostras. A sala de exsicatas é climatizada. O acervo atual (março de 2020) consiste em 10563 exsicatas. A finalidade perseguida pelo HFC é propiciar apoio técnico a pesquisas voltadas à produção florestal sustentável e à restauração ambiental.

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No acervo predominam angiospermas provenientes de formações florestais do leste do Paraná; existe representação de muitos estados e formações vegetais do Brasil, fruto principalmente de coletas de pesquisadores da instituição. Uma parte vultosa da coleção refere-se a amostras de Eucalyptus coletadas na Austrália na década de 80. No intercâmbio de materiais, há preferência em receber amostras de espécies de
formações florestais das regiões Sul, Sudeste e Centro-oeste. Vinculado ao HFC, existe um arboreto no campus da Embrapa Florestas para o conhecimento de plantas vivas e educação ambiental.