Seu acervo é formado principalmente por exsicatas (amostras de plantas desidratadas e fixadas em cartolina), mas também por amostras de fungos (micoteca), de madeira (xiloteca) e de frutos (carpoteca), com seus exemplares devidamente identificados, catalogados e conservados. A maior parte da coleção é formada por espécies brasileiras extra-amazônicas, com destaque para os Biomas Cerrado e Mata Atlântica. Muitas das espécies do herbário estão ameaçadas de extinção na natureza ou são raridades e muito pouco conhecidas. Há também exemplares coletados por botânicos já no início do século passado, com destaque para a coleção de Per Karl Hjalmar Dusén.

 

O Museu Botânico teve sua origem a partir da coleção particular do Botânico Gerdt Hatschbach, que foi iniciada no ano de 1942 e doada ao Município de Curitiba em 1965. Funcionou até 1975 em uma sede provisória no Passeio Público, espaço insuficiente para ampliar suas coleções ou manter seção adequada a consultas e visitação pública. Com a criação do Jardim Botânico de Curitiba em 1992, reservou-se um espaço para a instalação da nova sede do Museu Botânico, com o objetivo de abrigarem-se adequada e definitivamente as coleções em prédio especialmente construído, com amplas instalações que perfazem aproximadamente 1.450 metros quadrados. No ano de 1995 foi incorporada a coleção do herbário PKDC que continha cerca de 50.000 exemplares.

 

A maior parte do acervo do Museu Botânico é resultado de expedições capitaneadas pelo Dr. Hatschbach e de permutas com os principais herbários da América e da Europa. A flora do Estado do Paraná é a mais bem representada, mas também se destacam os exemplares de plantas coletadas por Gerdt e sua equipe nos estados da Bahia, Minas Gerais, Espírito Santo, Goiás, Tocantins, Mato Grosso, Mato Grosso do Sul, Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Muitos deles foram utilizados para a descrição espécies novas, inclusive mais de uma centena que homenageiam Dr. Hatschbach em seus nomes científicos.

 

Ao longo de sua história o MBM manteve intercâmcio de material botânico com 207 instituições congêneres, sendo 53 brasileiras e 154 internacionais. Isso ajudou o herbário a formar uma vasta coleção de plantas estrangeiras, muito úteis para os trabalhos de revisão taxonômica, bem como a constituir uma biblioteca especializada em botânica. Tal qualidade levou o Museu Botânico a ser credenciado como Instituição Fiel Depositária de Componentes do Patrimônio Genético junto ao CGEN (Conselho de Gestão do Patrimônio Genético). A diversidade do seu acervo também o credienciou a ser uma das principais coleções de referência para o projeto “Flora do Brasil 2020”, no qual se pretende divulgar as descrições, chaves de identificação e ilustrações para todas as espécies de plantas, algas e fungos conhecidos no país.

 

Atualmente, o herbário tem incorporado cerca de 7.000 amostras por ano, parte oruinda de pesquisas da própria equipe do MBM, outra parte proveniente de empresas de consultoria ambiental, e ainda de permutas com herbários nacionais. Tão logo essas amostras são registradas na coleção, suas informações são disponibilizadas por meio de repositórios online, ficando disponíveis para consulta por pesquisadores ou pelo público em geral.

 

O processo de informatização da coleção foi iniciado em 1994 no software FOX-PRO, constituindo o primeiro banco de dados digital do MBM. Posteriomente ele foi transferido para o software BRAHMS, que a partir de então facilitou a disponibilização dos registros nos repositórios CRIA-speciesLink, REFLORA e SiBBr. Nos últimos anos foi executado um intenso trabalho para digitalização das amostras de plantas vasculares por meio de financiamento do Sistema de Informação sobre a Biodiversidade Brasileira (SiBBr), e também com o apoio do projeto do Inventário Florestal Nacional. Hoje, cerca de 75% de seu acervo está disponível para consulta de forma remota, incluindo mais de 260.000 imagens de exsicatas, das quais 2.900 são typus nomenclaturais. As exsicatas typus são aquelas que foram referência para a descrição das espécies recém descobertas, sendo, portanto, as mais importantes da coleção.

 

Parte do trabalho é realizado por estagiários e bolsistas que estão cursando graduação em Ciências Biológicas ou Engenharia Florestal. Os estudantes aprendem os métodos consagrados de coleta, secagem, identificação, montagem, informatização e digitalização. Tal contribuição tem sido fundamental para o crescimento da coleção, além de aprimorar a formação desses futuros profissionais.

​