O MCN é sócio fundador da Associação Brasileira de Centros e Museus de Ciência, e também faz parte da Rede Paranaense de Coleções Biológicas – Taxonline (NAPI Taxonline) sendo o primeiro da Rede em diversidade de exposições e o segundo em tamanho. A Rede é atualmente formada por 50 coleções de 16 instituições do Estado do Paraná. O MCN é o único dentre as instituições que possui coleções variadas, tanto de cunho científico quanto expositivo, e atende à população paranaense em todos os temas relacionados à biodiversidade.

Além da área expositiva o MCN conta com coleções científicas de Zoologia (mamíferos, aves, répteis, anfíbios, peixes e invertebrados, incluindo protistas) e Paleontologia (iconologia, vertebrados, invertebrados e paleobotânica) que são utilizados com frequência pela comunidade científica.

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A ação educativa do MCN está estruturada na UFPR através do Programa de Extensão “Ciência vai à Escola”, uma ação de educação científica e popularização da ciência em parceria com professores da rede de educação básica. Ainda são realizadas oficinas, cursos, exposições itinerantes, seminários, palestras e práticas interativas, entre outras, para professores do ensino fundamental e médio e graduandos de distintos cursos da UFPR e de outras instituições de ensino superior.  O elemento da ação interativa é o monitor, que faz a intermediação entre o visitante e o material exposto, fazendo-o relacionar, refletir e desenvolver sua criatividade ao longo da “viagem” entre os seres vivos.