Com mais de 28.000 amostras informatizadas, seu acervo de exsicatas abrange cerca de 5.000 espécies, entre angiospermas, gimnospermas, monilófitas, licófitas e briófitas. As famílias melhor representadas são Asteraceae, Myrtaceae, Fabaceae Melastomataceae, Rubiaceae, Poaceae. Orchidaceae e Lauraceae. Conta também com uma carpoteca / germoteca didática de 350 amostras. São destaque no acervo as coleções de flora de montanha da Serra do Mar Paranaense e dos Campos nativos do Paraná, assim como importantes registros de plantas raras e ameaçadas de extinção. O EFC também é depositário de uma coleção histórica de cerca de 1.200 amostras coletadas e doadas pelos ilustres botânicos Jan Christiaan Lindeman e Ralph João George Hertel, coletadas essencialmente no Paraná entre as décadas de 40 e 60.

Por meio do Projeto de Extensão “Herbário EFC: conhecer plantas para conservar a biodiversidade” a equipe do EFC realiza atividades de extensão com variados setores da sociedade, por meio de visitas técnicas, vivências, cursos e serviços extensionistas. Neste âmbito, possui uma coleção de plantas vivas no campus que abrange 160 espécies lenhosas de 56 famílias botânicas, além de várias espécies da campos naturais, com objetivo de apoiar ações de extensão, pesquisa e ensino. O Herbário EFC e suas coleções estão abertas a visitação mediante agendamento prévio.